Mafalda war eine Tochter des Königs von Portugal, Sanchos I. (1154-1211). 1215 wurde sie mit dem König von Kastilien, Heinrich I. (1204-1217), verheiratet. Da der junge Gemahl mit dreizehn Jahren verstarb, wurde die Ehe annulliert und Mafalda kehrte nach Portugal zurück.
In Arouca schloß sie sich dem Kloster der Benediktinerinnen an und führte dort die Regel der Zisterzienser ein. Auch in anderen Klöstern setzte sie ein umfassendes Reformprogramm durch. Ihr Lebensstil zeichnete sich durch Strenge und Enthaltsamkeit aus. Ihre finanziellen Mittel nutzte Mafalda für karitative Werke. Auf ihre Initiative wurden z.B. Krankenhäuser für Arme gegründet. Wegen ihrer karitativen Werke erhielt sie im Volk den Beinamen „Santa Rainha Mafalda“.
Mafalda starb 1257 an den Folgen einer Krankheit, die sie sich auf Reisen zugezogen hatte, und wurde im Kloster von Arouca bestattet. Als ihr Grab 1617 geöffnet wurde, war ihr Leichnam unversehrt. Am 27. Juni 1793 wurde ihr Kult approbiert. Ihr Gededenktag in der katholischen Kirche ist der 2. Mai.